Основната цел на Федерацията на синдикатите в здравеопазването е постигане на висок социален статус и обществен престиж на работещите в здравеопазването.

Синдикатът защитава:
- Правото на труд и зачитане на човешкото достойнство, право на защита срещу нарушителите на трудовите и синдикални права, произтичащи от българското и европейско законодателство и Европейската социална харта
- Достойно заплащане на труда на всички категории медицински персонал
- Правото на здравословни и безопасни условия на труд
- Правото на квалификация
- Правото на отдих и почивка

Федерацията  на синдикатите в здравеопазването постига основните си цели чрез:
-  Преговори и сключване на Колективни трудови договори, споразумения на национално, общинско и местно ниво (в самите лечебни заведения).
- Разработване и отстояване на становища, позиции, искания и други по социално-икономически, трудово-правни и професионални проблеми.
- Осъществява социално-икономическа, трудово-правна и професионална защита на синдикалните си членове.
- Чрез всички позволени форми на синдикален протест – протестни писма, митинги, демонстрации, шествия, стачки.

Дейността на Федерацията на синдикатите в здравеопазването се осъществява на основата на плурализма на мненията, синдикалната демокрация и солидарност, на взаимодействия със съсловните организации на Български лекарски съюз, Българската асоциация на професионалистите по здравни грижи, с представителни и неправителствени организации, обединения, женски организации.